|
Title
|
شناسایی خصوصیات احتمالی یک پروتئین ناشناخته از آرابیدوپسیس با استفاده از روشهای بیوانفورماتیکی
|
|
Type of Research
|
Article
|
|
Keywords
|
آرابیدوپسیس تالیانا، پایگاه اطلاعات پروتئین، پیش بینی عملکرد پروتئین، بیوانفورماتیک.
|
|
Abstract
|
امروزه توالی ژنوم اکثر موجودات شناسایی شده است و این اطلاعات در شناخت عملکرد و ویژگیهای موجود مفید هستند. در این میان اطلاعات پردازش نشده ای وجود دارد که با پیشرفت تکنولوژی و استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک میتوان از آنها برای مطالعه پروتئینها و ژنهای ناشناخته استفاده کرد. در این تحقیق توالی یک ژن با عملکرد ناشناخته از گیاه Arabidopsis thaliana با شماره دسترسی X91953.1 در پایگاه NCBI برای بررسی و مطالعه ساختار و عملکرد احتمالی مورد استفاده قرار گرفت. این ژن مربوط به کروموزوم شماره یک در آرابیدوپسیس تالیانا بوده و با 676 جفت باز، پروتئینی با 150 اسیدآمینه به وزن مولکولی تقریبا 15 کیلودالتون تولید میکند. با استفاده از سرورهای بیوانفورماتیک خصوصیات توالی ژن و پروتئین مربوطه بررسی و مشخص شد که دارای 18 نوع موتیف تنظیمی است که وظایف برخی از آنها شناخته شده است که میتوان به پاسخ به نور و فعالیت عناصر Cis برای بیان در مریستم اشاره کرد. آنالیزها نشان داد این پروتئین دارای 38 موتیف است که سه مورد در آن حفاظت شده با تکرار بالاست. این پروتئین دارای سیگنال پپتید در انتهای آمینی خود بوده و به فضای خارج سلولی تراوش میشود. بنابراین احتمال حضور آن در فضای بین سلولی بیشتر از هسته و اندامکهای درون سلولی است. محل تنظیم یک microRNA نیز روی رونوشت این ژن وجود دارد و این microRNA در پاسخ به شوری و همچنین در جنین فعالیت دارد. این پروتئین ناشناخته با پروتئین دیگری در آرابیدوپسیس با شماره دسترسی UPF0540 At1g62000 دارای حدود 90 درصد همولوژی است که برای بررسیهای بیشتر برای شناسایی نقش پروتئین مورد نظر میتواند مورد استفاده قرار گیرد. این پروتئین در 10 بافت مختلف عمدتا در جنین و آندوسپرم دانه بیان میشود. براساس همه آنالیزهای صورت گرفته دو وظیفه تمایز پوشش بذر و فرایند بیوسنتز مواد مترشحه در اثر نور را برای این پروتئین میتوان پیش بینی کرد که در ادامه کار روشهای آزمایشگاهی برای تست عملکرد منسوب شده به آن توصیه میشود.
|
|
Researchers
|
(First Researcher)، Maghsoud Pazhouhandeh (Second Researcher)
|