|
Title
|
تنوع سیستم های CRISPR/Casدر جنس لوکونوستوک
|
|
Type of Research
|
Article
|
|
Keywords
|
وکونوستوک،
،CRISPR
تنوع،
رابطه خویشاوندی،
ساختار
|
|
Abstract
|
عفونت بوسیله باکتریوفاژها یکی از چالشهای مهم کاربرد باکتریهای مختلف در صنایع میباشد.
یکی از سیستمهای ضد ویروسی ذاتی در باکتریها سیستم CRISPR/Casمیباشد و تعیین
ویژگی این سیستمها در باکتریها میتواند در فرمولاسیون و بکارگیری این باکتریها نقش کمک
کنندهای داشته باشد. بر این اساس و به منظور شناسایی سیستم CRISPR/Casدر باکتریهای
جنس لوکونوستوک، توالی ژنوم کامل 18گونه شناسایی شدهی این جنس مورد کاوش قرار
گرفت و اطلاعات سیستم CRISPR/Casآنها بر اساس الگوریتمهای مبتنی بر همولوژی بررسی
گردید. در مرحله بعد ویژگیهای مربوط به ساختارهای کونفورماسیونی و پایداری سیستمهای
شناسایی شده بر اساس انرژی آزاد تعیین، جایگاه شناسایی فاژها ( )PAMبا استفاده از رویکردهای
مبتنی بر BLASTشناسایی، و در نهایت روابط خویشاوندی این سیستمها بر اساس توالی
آمینواسیدی پروتئینهای همراه مورد ارزیابی قرار گرفت. بر اساس نتایج بدست آمده از مجموع
18گونه ثبت شده برای این جنس در 9 ،NCBIگونه دارای سیستم CRISPR/Casکامل بودند.
نتایج مربوط به تعیین نوع سیستم ،CRISPR/Casنشان داد که غیر از یک مورد، همه سویهها
حاوی سیستم نوع II-Aمیباشند. تعداد توالیهای تکراری در این سیستمها بین 4تا 101عدد و
طول متوسط توالیهای فاصله دهنده بین 28تا 30نوکلوئوتید متغییر بودند. در مجموع 9نوع
توالی PAMدر انتهای ´ 3و 9نوع توالی PAMدر انتهای ´ 5این سیستمها شناسایی شد. بر
اساس نتایج آنالیز خویشاوندی، این سیستمها در دو گروه اصلی تقسیمبندی شدند. به نظر میرسد
سیستم CRISPR/Casنوع II-Aفعالترین سیستم بر علیه DNAمهاجم خارجی و عفونتهای
باکتریوفاژی در باکتریهای جنس لوکونوستوک باشد
|
|
Researchers
|
Sara Ghaffarian (First Researcher)، - - (Second Researcher)
|