|
عنوان
|
تجزیه بیان ژن به روش توالی یابی RNA
|
|
نوع پژوهش
|
مقاله چاپ شده
|
|
کلیدواژه‌ها
|
بیان ژن، ترنسکریپتوم، NGS، توالی یابی RNA
|
|
چکیده
|
رمزگشایی توالی DNA برای همه شاخه های علوم زیستی، حیاتی است توالی یابی نسل جدید (NGS)، رویکردی متفاوت در توالی یابی است که تحولی عظیم در علم زیستشناسی ایجاد کرده و جنبه های مختلفی از مطالعات در سطح ژنوم، ترنسکریپتوم، اپی ژنوم و متاژنوم را پوشش می-دهد. در مقایسه با روش های سنتی، نسل جدید توالی یابی، با فراهم کردن پوشش بالای ژنومی، تفکیک پذیری در حد تک تک جفت بازها و رفع معایب نسل اول توالی یابی (توالی یابی سانگر)روشی با کا رآیی بالا برای آنالیز اطلاعات ژنومی و ترنسکریپتومی است. استفاده از نسل جدید توالی یابی برای بررسی ترنسکریپتوم موجودات زنده مدل و غیرمدل از سالهای 2005 و 2006 پس از تجاری شدن دستگاههای شرکتهای مختلف مثل آغاز شده است. Solexa و Roch/454 Life Science ،ABI/SOLiD Illumina برای شناسایی ژنهای مرتبط با RNA در سالهای اخیر تکنیک توالی یابی ف رآیندهای رشدونموی و بررسی الگوهای بیان آنها در پاسخ به انواع تنشهای زیستی و غیرزیستی، در اندامها و مراحل متعدد رشدی در موجودات مختلف و همچنین میزان بیان ژنها، تفکیک ایزوفرمهای مختلف از یکدیگر، شناسایی عناصر تکراری، وقایع ،(SNP) امتزاج ژنها، یافتن چندشکلی های تکنوکلئوتیدی اتصال جایگزین، پیداکردن اسیدهای ریبونوکلئیک غیررمزگر، پیداکردن اگزونهای جهش های پیکری و ،(UTR) ژنی و رونوشتهای جدید، مناطق غیرترجمه شونده شامل شناسایی RNA غیره، به طور گسترده استفاده میشود. روش توالی یابی های RNA کل، غنی سازی RNA نمونههای زیستی مناسب، استخراج و ساخت کتابخانه های توالی یابی، انتخاب cDNA به RNA غیرریبوزومی، تبدیل قطعات براساس اندازه، اضافه کردن لینکرها، استفاده از توالی یابها یا پلت فرمهای با توان عملیاتی بالا به منظور تولید صدها میلیون خوانش کوتاه، استفاده از نرم افزارهای خاصی به منظور کنترل کیفیت و تطابق خوانش ها با ژنوم مرجع یا ترنسکریپتوم، نقشه بردای و آنالیزهای پایین دستی است.
|
|
پژوهشگران
|
معصومه شریفی علیشاه (نفر اول)، رضا درویش زاده (نفر دوم)، محمد احمدآبادی (نفر سوم)، یاسر پیری کشتیبان (نفر چهارم)، کریم حسنپور (نفر پنجم)
|