مشخصات پژوهش

عنوان	توصیف پروتئین های محافظت شده فرضی از susbp. citri Xanthomonas citri ، با فعالیت محرک تولید اتیلن گیاه Arabidopsis thaliana
نوع پژوهش	مقاله چاپ شده
کلیدواژه‌ها	زانتوموناس، بیوانفورماتیک، شانکر مرکبات، محرک، پروتئین
چکیده	در پژوهش های پیشین از بخش خالص شده پروتئوم باکتری Xanthomonas campestris pv. campestris که قابلیت محرک تولید اتیلن گیاه آرابیدوپسیس را داشت، حدود 60 پروتئین مختلف شناسایی شدند که از بین آنها هشت پروتئین به عنوان پروتئین فرضی محافظت شده شناسایی شدند. هدف از انجام این پژوهش توصیف این پروتئین ها توسط ابزارهای بیوانفورماتیک مختلف می باشد. همه پروتئین های مورد بررسی دارای جرم مولکولی متوسطی بودند. پروتئین NP_640497.1با 84/43 کیلودالتون دارای بیشترین جرم مولکولی بود. نقطه ایزوالکتریک (pI) محاسبه شده برای پروتئین ها بین 34/5 تا 5/9 متغییر بود. نوع خانواده های پروتئینی و دومین های پروتئین ها توسط ابزار پایگاه اطلاعاتی دومین های محافظت شده CDD-Blast و Interpro تعیین شد. از بین موارد مورد بررسی در پروتئین NP_640912.1 دومین HTH (Helix-turn-Helix)، از بخش مرکزی پروتئین NP_640497.1، دومین Enoyl_reductase، از پروتئین NP_641576.1 دو موتیف متصل شونده به یون کلسیم (EF-hand, calcium binding motif) و در پروتئین NP_643454.1 دومین 4-hydroxybenzoyl-CoA thioesterase از بالاخانواده Hot_dog شناسایی شد. سرور COACH برای پیش بینی جایگاه اتصال لیگاند در پروتئین ها مورد استفاده قرار گرفت و ساختار سه بعدی آنها توسط سرور Phyre 2 مدل سازی شد.
پژوهشگران	وحید فلاح زاده ممقانی (نفر اول)